Dos 32 participantes desta fase da competição, 20 vieram das etapas anteriores: Altos (PI), Atlético Goianiense (GO), Azuriz (PR), Brasiliense (DF), Ceará (CE), Ceilândia (DF), Coritiba (PR), Cruzeiro (MG), CSA (AL), Cuiabá (MT), Goiás (GO), Juazeirense (BA), Juventude (RS), Portuguesa (RJ), Santos (SP), São Paulo (SP), Tocantinópolis (TO), Tombense (MG), Vila Nova (GO) e Vitória (BA).

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Os outros 12 estão entrando agora na disputa. Nove clubes são os brasileiros que se classificaram para a Libertadores da América: América (MG), Athletico (PR), Atlético (MG), Red Bull Bragantino (SP), Corinthians (SP), Flamengo (RJ), Fluminense (RJ), Fortaleza (CE) e Palmeiras (SP). Somam-se a estes mais três: Botafogo (RJ), campeão da Série B; Bahia (BA), campeão da Copa do Nordeste; e Remo, campeão da Copa Verde.

As 32 equipes foram divididas em dois potes, de acordo com o Ranking Nacional de Clubes. Os mandos de campo serão definidos ainda nesta segunda-feira em novo sorteio a ser feito pela CBF. Os confrontos da terceira fase serão em ida e volta, que serão realizados nas semanas de 20 de abril e 11 de maio.

De acordo com o regulamento da competição, em caso de uma vitória para cada clube, o saldo de gols será o critério de desempate. Se esse critério também der empate, disputa de pênaltis. Na Copa do Brasil o gol fora de casa não é critério de desempate, bola na rede em casa ou fora vale o mesmo.

Confrontos da terceira fase da Copa do Brasil: