Na primeira fase do caso Marielle, Rivaldo ligou para Giniton e mandou que ele interrogasse o então policial militar Rodrigo Ferreira, o Ferreirinha, apresentado como testemunha de uma conversa entre Orlando Oliveira de Araújo, o Orlando da Curicica, e o vereador Marcello Siciliano, em que teriam planejado matar a vereadora. Mas a versão era falsa, como foi confirmado, dez meses depois, numa apuração paralela da Polícia federal, que ficou conhecida como "investigação da investigação".

Dias depois da morte de Marielle, Rivaldo se reuniu com parlamentares da bancada do PSOL para garantir que o crime seria esclarecido o mais rápido possível. Em entrevista, o delegado chegou a dizer: "Nós estamos no caminho certo. A complexidade está na forma de atuação dos assassinos. Mas, a gente está fazendo de tudo para esclarecer essa atividade criminosa".