De acordo com a PF, há "dados que comprovam" que Bolsonaro "analisou e alterou uma minuta de decreto que, tudo indica, embasaria a consumação do golpe de Estado em andamento". A defesa dele negou que ele tenha participado da "elaboração de qualquer decreto que visasse alterar de forma ilegal o Estado Democrático de Direito".

A PF investiga um esquema de venda de presentes recebidos pela Presidência durante o governo Bolsonaro. Auxiliares do ex-presidente venderam ou tentaram comercializar ao menos quatro itens, sendo dois entregues pela Arábia Saudita e dois pelo Bahrein. Em depoimento sobre o caso, Bolsonaro optou por ficar em silêncio.

Em maio do ano passado, Bolsonaro foi alvo de mandado de busca e apreensão pela suspeita de fraude em seu cartão de vacina. A PF identificou que os certificados de vacinação do ex-presidente e da filha dele, Laura, foram adulterados e, em seguida, emitidos. Em depoimento, ele negou em que tenha tomado conhecimento da inserção de dados falsos.

Bolsonaro é um dos investigados no inquérito do STF que investiga supostos incitadores e autores intelectuais dos atos golpistas do dia 8 de janeiro. O ex-presidente foi incluído na apuração após ter compartilhado, dois dias depois dos atos, um vídeo com acusações sem provas ao STF e ao TSE. Em depoimento à PF, Bolsonaro afirmou que a publicação foi feita por engano.

Em 2022, a PF afirmou ao STF que Bolsonaro cometeu incitação ao crime, por estimular as pessoas a não usarem máscaras, além da contravenção penal de "provocar alarme ou perigo inexistente" ao associar o uso da vacina da Covid-19 com o desenvolvimento do vírus da Aids. No ano passado, a PGR pediu o arquivamento do caso. Ainda não houve decisão do relator do caso, Alexandre de Moraes.