Apesar do enorme potencial de rios navegáveis, o país ainda investe pouco no sistema hidroviário. O principal entrave são as ações na Justiça envolvendo organizações ambientalistas, o Ministério Público e as administradoras regionais. As disputas judiciais giram em torno do impacto do transporte hidroviário no meio ambiente. Por determinação da Justiça, a construção de novos portos e terminais na bacia Tocantins-Araguaia está impedida. Também está proibido qualquer tipo de obra na Paraná-Paraguai. São batalhas jurídicas demoradas, que acabam afastando os possíveis investidores. Como os recursos públicos são insuficientes, obras realmente necessárias ainda não saíram do papel. Um exemplo é a construção da eclusa para a transposição da hidrelétrica de Tucuruí, no Pará. As obras foram iniciadas em 1981, paralisadas em 1989, retomadas em 1998 e interrompidas novamente em 2002. Os trabalhos foram reiniciados em 2004, mas seguem ao sabor da liberação de novos recursos da União.

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